Гэндо и Рей
Отношения Рей Аянами с Гэндо до конца не изучены и должны оставаться в высшей степени спекулятивными, в зависимости от немногих обрывков информации, раскрытых в сериале. Известно, что Рей перешла от непоколебимой преданности в начале сериалу к отказу от него ради Синдзи в самом конце, с последующими последствиями.
Гэндо и маленькая Рей[]
В эпизоде 21 Рей — девочка лет четырёх, которую сопровождает Гэндо. Это воплощение Рей имеет гораздо более выраженное сходство с Юи Икари, чем Рей, увиденная в 2015 году. Рей превращается из тихой и довольно милой четырёхлетней девочки в насмешливое маленькое чудовище, когда она говорит Наоко правду о Гэндо: что он больше не нуждается в ней, и называет ее «старой ведьмой». Рассерженная и полностью потерявшая контроль над своими эмоциями, Наоко задушила первую Рей, и, ужаснувшись тому, что она сделала, убила себя сразу же после этого.
То ли Гэндо со своей фирменной чёрствостью послал Рей 1, чтобы сокрушить чувства Наоко правдой, то ли Рей 1 сказала Наоко её истинные чувства для её же блага, неясно, но Рей 1, кажется, насмехается над Наоко, или, по крайней мере, счастлива сказать ей правду. То, что Рей 1 была настроена против Наоко до того, как её душа была помещена в Еву-00, может объяснить некоторые аспекты поведения Евы-00, а именно её склонность преследовать Рицуко, когда она в ярости.
Если бы Рей-1 была настроена против Наоко намеренно, вполне возможно, что она, как душа Евы-00, захотела бы отомстить Рицуко, дочери человека, который убил её и которого она могла связать с Наоко. Кроме того, она, вероятно, винила Рицуко как главного учёного проекта «Е» за то, что та поместила её душу в Еву. Она могла отвергнуть Рей 2, как не являющуюся её частью, или потому, что находила что-то в сознании Рей 2 отвратительным, и могла попытаться удержать Синдзи внутри (возможно, как говорит Рицуко, чтобы поглотить его), потому что она могла принять его за Гэндо. То, что Рей 2 видит Гэндо непосредственно перед взрывом Евы-00 в эпизоде 23, может быть связано с чувствами к Гэндо, которые разделяют оба клона Рей.
Рей 2[]
Рей 2, возможно, самый преданный из клонов Рей по отношению к Гэндо, и Гэндо однажды действительно демонстрирует свои чувства к Рей, идя и лично спасая её из перегретой контактной капсулы, обжигая при этом свои собственные руки.
Рей 3[]
В отличие от Рей 2, Рей 3, по-видимому, обладает полной душой Лилит, и вполне вероятно, что у неё есть воспоминания о Рей 1. Она, кажется, лучше понимает тот факт, что Гэндо использовал её и будет использовать снова в своих собственных целях, и поэтому она решила быть лояльной по отношению к Синдзи.