Durante l'opera di Neon Genesis Evangelion, l'esatta timeline, ovvero l'ordine progressivo dei suoi eventi interni, non è di facile lettura e comprensione. Ma in vari flashback - specialmente nella puntata 21 ("Nerv la nascita") - e tramite continui "pezzi" di informazioni è possibile fare ordine, ed esplorare l'affascinante mondo di Evangelion più in luce e con maggiore chiarezza.
Preistoria[]
In era preistorica, in Antartide cadde il Seme della Vita Adam, e la Luna Bianca che lo conteneva costituì il primo GeoFront. Dopo un tempo indeterminato, accadde il First Impact: la Luna Nera che conteneva Lilith venne catturata dalla gravità terrestre, e si schiantò erroneamente sull'attuale Giappone, formando un secondo GeoFront. La Lancia di Longinus di Lilith venne distrutta o dispersa nell'impatto.
Con l'arrivo di Lilith, la Lancia di Longinus di Adam si attivò e bloccò le sue funzioni di spargimento della vita. A quel punto, Lilith rilasciò LCL, che andò a formare il brodo primordiale da cui sarebbe nata la vita sulla Terra, e, di conseguenza, la razza umana.
1999 d.C.[]
Kozo Fuyutsuki, professore all'Univesità di Kyoto, incontra Yui Ikari, brillante studentessa presso lo stesso istituto. Quando Gendo Rokubungi è sotto la tutela del dipartimento di polizia locale per comportamento violento, indica Fuyutsuki come suo garante. L'impressione iniziale di Fuyutsuki nei riguardi di Gendo è di disgusto.
In autunno, Yui rivela a Fuyutuki di essersi sentimentalmente impegnata con Gendo. La donna sostiene che Gendo "è una persona dolce". Nello stesso anno, i due si sposano, e Gendo prende il cognome della moglie.
2000 d. C.[]
La spedizione Katsuragi, composta da un'elité di scienziati della SEELE guidata dal dottor Katsuragi (da cui la spedizione prende il nome), arriva al Polo Sud per studiare l'appena scoperto "Adam" all'interno del GeoFront del luogo. Alla squadra prende parte anche Gendo Ikari. Il loro obbiettivo principale è quello di effettuare un "esperimento di contatto" fra un uomo e l'essere misterioso. Il 12 settembre, il giorno prima dell'esperimento, Gendo lascia il sito, portando con sè tutti i dati raccolti dagli esperimenti e le analisi sul campo.
Il 13 settembre, l'esperimento di contatto conduce al Second Impact. L'evento porta soprattutto alla riduzione di Adam allo stato embrionale e alla nascita di Kaworu Nagisa; oltre a ciò, si verifica una violentissima esplosione. L'asse terrestre viene spostato, e il continente ghiacciato completamente sciolto. La catastrofe conduce ad enormi conseguenze geopolitiche ed ecologiche. Alla fine di tutto, metà della popolazione mondiale perde la vita.
Tutti i membri della spedizione presenti muoiono, eccetto la figlia del dottor Katsuragi, Misato, che viene salvata dal padre inserendola in una capsula di salvataggio.
2001 d.C.[]
Nasce il primogenito di Yui e Gendo, Shinji Ikari. Nasce anche Asuka Langley Soryu, figlia di Kyoko Zeppelin Soryu.
2002 d.C.[]
Fuyutsuki lavora come medico senza licenza, ma, su richiesta delle Nazioni Unite, si dirige presso il Polo Sud per condurre un'indagine formale sul Second Impact. L'ex professore sul luogo incontra nuovamente Gendo e viene a sapere che lui e Yui sono ora sposati ed hanno avuto un figlio. Fuyutsuki ha modo di confermare i suoi sospetti secondo i quali la SEELE copre alcuni fatti essenziali sul Second Impact. Incontra anche Misato Katsuragi, che nel frattempo era stata presa in custodia dall'organizzazione.
2003 d.C.[]
Alla Gehirn viene avviato il Progetto E e la costruzione degli Evangelion. Nella stessa organizzazione, si inizia la pianificazione per lo sviluppo dei MAGI da parte di Naoko Akagi.
Fuyutsuki continua ad indagare sulla SEELE, e questo lo porta a Gendo Ikari, il direttore del Laboratorio per l'Evoluzione Artificiale. Egli visita il laboratorio e minaccia di rendere pubblica la verità, ma Gendo lo porta ad uno spazio gigantesco - il Central Dogma - che si estende sotto il laboratorio stesso. Inoltre, probabilmente sul luogo viene vista l'Unità-00 ancora in fase di costruzione. Gendo dice a Fuyutsuki: "Unisciti a me per creare la nuova era nella storia del genere umano". Dopo averci pensato attentamente sopra, Fuyutsuki accetta l'invito.
2004 d.C.[]
Durante un esperimento di contatto con l'Unità-01 nel secondo laboratorio sotterraneo ad Hakone, Yui Ikari scompare. L'incidente avviene proprio sotto gli occhi del figlio, Shinji. Subito dopo l'accaduto, Gendo scompare, e Fuyutsuki si interessa molto dell'assenza della durata di un'intera settimana del comandante. Cosa sia accaduto durante questo periodo è oscuro e non perfettamente chiaro, ma quando Gendo ritorna, informa Fuyutsuki di appoggiare il "Progetto per il perfezionamento dell'uomo" e il "Progetto Adam". In seguito, Naoko Akagi sostiene che Gendo sia cambiato dopo questo periodo di tempo. Nello stesso periodo, Gendo affida Shinji nelle mani di un tutore. Dopo questo avvenimento, Shinji vivrà separato dal padre sino all'anno 2015.
2005 d.C.[]
Dopo cinque anni Misato si è ripresa (anche se non del tutto) dalla sua afasia. All'Università di Neo Toyo-2, fa la conoscenza di due persone. Una è Ritsuko Akagi, figlia dell'illustre dottoressa Naoko Akagi, e l'altra è Ryoji Kaji, un uomo che ha qualcosa simile a suo padre in lui. Misato e Kaji si fidanzano.
Asuka Soryu Langley è selezionata come Second Children. Lo stesso giorno, la madre, Kyoko Zepplin Soryu, si impicca in ospedale.
2007 d. C.[]
Misato e Kaji si lasciano. Il motivo è da ricercarsi nell'animo di lei. Kaji era troppo simile al padre di Misato.
2008 d. C.[]
La teoria dei bio-computer Magi è completata dalla dottoressa Naoko Akagi. L'avvio dei Magi rappresenta un ulteriore progresso nei piani di Gendo. Ritsuko Akagi si unisce al Gehirn dopo aver conseguito la laurea all'università. La donna è assegnata al Progetto E, entrando nello stesso reparto di sua madre. Tuttavia, Ritsuko apprende così un'amara verità: che sua madre e Gendo hanno una relazione.
2009 d.C.[]
Misato Katsuragi entra nel Gehirn e viene assegnata alla terza divisione della Germania.
2010 d.C.[]
Il primo clone di Rei Ayanami vista il Gehirn. Gendo, che la accompagna, sostiene che sia la figlia di un suo conoscente.
Il Magi è completato grazie agli sforzi della dottoressa Naoko Akagi. La stessa notte, Naoko apprende da Rei che ella è solo uno strumento per realizzare i piani di Gendo. In preda alla rabbia, strangola Rei e si getta dal centro di comando, suicidandosi.
Il giorno successivo la Seele decide di sciogliere il Gehirn, che era un'agenzia investigativa sotto il controllo della Commissione per il Perfezionamento. L'organizzazione è sposata nella sua interezza in una nuova organizzazione - l'Agenzia Speciale Nerv - che è incaricata di svolgere tutti i progetti. Così, i piani della Seele entrano in una nuova fase.
2012 d.C.[]
Nell'ottavo anniversario della morte di Yui, Shinji visita la tomba di sua madre insieme al padre, Gendo, ma "fugge" da una tomba in cui non vi sono spoglie.
2014 d.C.[]
Il secondo clone di Rei Ayanami viene trasferito nel Primo Liceo Comunale di Neo Tokyo-3.
2015 d.C.[]
Convocato dal padre Gendo, Shinji Ikari arriva a Neo Tokyo-3. Lo stesso giorno, un Angelo, Sachiel, attacca per la prima volta dopo 15 anni. Per gli esseri umani, è il terzo. Al fine di difendere Neo Tokyo-3, Shinji viene frettolosamente messo a bordo della macchina umanoide artificiale Evangelion. Riesce ad intercettare l'Angelo e dimostra le sue capacità di pilota durante la sua prima battaglia.
Da allora in avanti, ci saranno diversi attacchi di Angeli. La Nerv risponde inviando prima l'Unità-00 (pilotata dal First Children, Rei Ayanami) e poi l'Unità-02 (pilotata dal Second Children, Asuka Soryu Langley) sul campo di battaglia.
In concomitanza con l'arrivo dell'Unità-02, Ryoji Kaji, del Dipartimento Investigativo della Nerv viene in Giappone. Egli porta Adam con se al quartier generale della Nerv.
La seconda filiale americana della Nerv scompare. Si suppone che la causa sia un indicente verificatosi durante l'installazione sperimentale del motore Super-Solenoide sull'Unità-04. Inorridita da questo incidente, l'America decide di spedire per via aerea l'Unità-03 sino in Giappone dalla prima filiale Americana della Nerv. Per questa Unità viene selezionato il Fourth Children, Toji Suzuhara. Tuttavia, l'Unità-03 è contaminata da un Angelo, Bardiel, durante il trasporto aereo e va fuori controllo durante il test di attivazione. Per questo, viene individuato come "Angelo" dall'Unità-01. Dopo l'operazione, il pilota dell'Unità-01, Shinji Ikari, manifesta le sue obiezioni sul modo in cui è stata condotta l'operazione e si ribella contro il padre. Attraverso un'appropriazione dell'Unità-01, cerca di minacciare il padre, ma fallisce nel suo intento.
L'iscrizione del Third Children viene cancellata per qualche tempo, ma torna in prima linea quando il quattordicesimo Angelo, Zeruel, invade il quartier generale della Nerv. Egli sconfigge con successo l'Angelo. Inoltre, l'Unità-01 va in berserk durante la battaglia, divora Zeruel, e acquisisce l'Elemento Super-Solenoide.
Kaji, che svolgeva indagini private sulla Nerv sotto ordine della Seele, viene ucciso con un colpo di pistola.
Nella lotta contro il Quindicesimo Angelo, Arael, Gendo ordina l'utilizzo della Lancia di Longinus. L'attacco dell'Unità-00 con la Lancia distrugge con successo il nemico, ma la Lancia stessa si dirige verso l'orbita lunare e diventa irrecuperabile. L'Unità-00 si fa esplodere per sconfiggere il sedicesimo Angelo, Armisael. Il pilota dell'Unità citata, il secondo clone di Rei Ayanami, muore, e viene sostituito conseguentemente da un suo terzo clone.
Ritsuko tradisce la Nerv e distrugge tutti i corpi di Rei Ayanami ad eccezione di quello attualmente attivo. La causa è da ricercare nel collasso della sua relazione con il comandante Gendo Ikari.
Asuka "fugge". Viene ritrovata dopo poco tempo, ma non è più in grado di pilotare l'Eva. Per sostituirla, giunge il Fifth Children Kaworu Nagisa, inviato direttamente dalla Commissione per il Perfezionamento. La sua vera identità è però quella di un Angelo umanoide. Kaworu riesce ad entrare nel Terminal Dogma, ma il tanto temuto Third Impact non si verifica, e viene ucciso dall'Unità-01.