Die Figuren in diesem Manga sehen dem Anime kaum ähnlich. Die Geschichte geht um die Dreiecksbeziehung Shinji-Asuka-Rei. Rei hat eine andere Personlichkeit, sie sucht bewusst Freundschaften, sie hat sich in Shinji verliebt und sagt dies auch. Zwischen ihr und Asuka besteht eine Rivalität um Shinji.
Asuka und Shinji sind Freunde seit dem Kindergarten. Für ihre Freunde steht fest, das die Beiden eines Tages ein Paar werden, dann jedoch taucht eine neue Schülerin auf: Rei Ayanami. Nach einen Zusammenstoss auf dem Schulweg beginnt sich Rei-sehr zum Ärger von Asuka-für Shinji zu interessieren. Sie ist von seiner Freundlichkeit verzaubert und verliebt sich in ihn. Asuka gefällt das natürlich nicht und sie versucht die beginnende Freundschaft zu sabotieren. Als Rei jedoch von eifersüchtigen Mitschülerinnen gemobbt wird, vergisst Asuka ihre Eifersucht und steht Rei bei. Bei einem persönlichen Gespräch gesteht Rei Asuka, das sie Shinji liebt,