Dr. Naoko Akagi war die leitende Wissenschaftlerin von Gehirn, der Vorgängerorganisation von NERV, und die Entwicklerin der Magi Supercomputer, in die sie ihre eigenen Gedankenmuster kopiert hat. Sie war auch gemeinsam mit Gendo Ikari in das Evangelion-Projekt involviert. Sie ist die Mutter von Ritsuko Akagi. Sie hatte eine Beziehung mit Gendo, der sie aber nur ausnutzte. Dies wurde ihr klar, als Rei zu ihr alte Hexe sagte und meinte, dass dies Gendo auch immer zu ihr sagt, weshalb sie Rei erwürgte, was jedoch nicht weiter schlimm war, da es von Rei mehrere Klone gab. Sie beging später Selbstmord.